L'Aeroporto di Pisa è servito da 20 compagnie aeree di linea che gestiscono un network di 57 destinazioni.
| Compagnia aerea
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Destinazioni |
| Air Dolomiti/Lufthansa |
Monaco |
| Air France |
Parigi Charles de Gaulle |
| Air One |
Roma-Fiumicino |
| Alitalia |
Olbia, Roma-Fiumicino |
| Belle Air |
Tirana |
| BlueAir by Onair |
Bucharest |
| British Airways |
Londra Gatwick |
| Clickair |
Barcellona |
| Delta Airlines |
New York-John F. Kennedy |
| EasyJet |
Berlino Schönefeld, Bristol, Londra-Gatwick, Londra-Luton, Parigi-Orly |
| ElbaFly/Heli Air |
Isola d'Elba |
| Finnair |
Helsinki |
| Iberia |
Madrid |
| Jet2.com |
Belfast, Edimburgo, Leeds-Bradford, Manchester, Newcastle |
| Norwegian Air Shuttle |
Oslo, Copenaghen |
| Ryanair |
Alghero, Alicante, Amburgo-Lubecca, Barcellona-Girona, Bari, Billund, Birmingham, Bournemouth, Bruxelles-Charleroi, Cagliari, Constanta, Dublino, East Midlands, Edimburgo, Eindhoven, Maastricht ,Francoforte Hahn, Glasgow-Prestwick, Lamezia Terme, Liverpool, Londra-Stansted, Malta, Palermo, Parigi-Beauvais, Oporto, Oslo-Torp, Siviglia, Stoccolma-Skavsta, Trapani, Valencia |
| Skyeurope |
Praga, Vienna |
| Thomsonfly |
Coventry |
| Transavia |
Amsterdam |
| TUIfly |
Colonia-Bonn, Stoccarda, Hannover |
| Wind Jet |
Catania, Palermo |
Numerose compagnie aeree charter offrono voli per destinazioni europee ed extraeuropee.
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